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宮古では1474年仲宗根豊見親が尚円王から首長を任じられました。八重山では15世紀末に台頭したオケヤアカハチが石垣島を中心に支配を強め、さらに宮古地方への進出を企てました。仲宗根豊見親はこれを首里王府に報告し、王府軍は石垣島を攻め、制圧させました(1500年)。これをオケヤアカハチの乱といいます。
与那国島は女性首長のサンアイイソバが島を治めていました。1522年首里王府は仲宗根豊見親に命じ、これを攻め、琉球王国の傘下に組み入れました。
奄美では、15世紀初頭、尚巴志による琉球王国統一の頃に、徐々にその支配下におかれるようになりました。首里王府は1466年奄美諸島を完全に支配体制化におきました。